医药洁净工程与环境保护之间存在着密切的关系。医药洁净工程是指在医药生产过程中，通过采取一系列措施和技术手段，以确保产品质量和安全的一种工程实施方式。而环境保护则是指保护和改善人们居住环境、确保生态安全、促进可持续发展的一系列措施和行动。两者之间的关系主要表现在以下几个方面。

首先，医药洁净工程能够有效降低对环境的污染。医药生产过程中，会产生大量的废水、废气和固体废弃物等污染物。通过建立医药洁净工程，可以采取合理的技术手段和措施，对废水进行处理和净化，减少废气和固体废弃物的产生，从而减少对环境的污染和压力。例如，在医药洁净车间中配置适当的废气排放和处理设备，可以有效去除废气中的有害物质，减少对大气环境的污染。

其次，医药洁净工程有助于保障环境和生态系统的健康。医药生产过程中使用的药物和化学物质可能对环境和生态系统造成一定的影响。医药洁净工程通过引入先进的生物安全技术和控制措施，可以有效减少药物和化学物质的泄漏和扩散，避免对生态系统的污染和破坏。此外，还可以降低产品中有害物质的含量，减少人们使用药物对环境的负面影响。

此外，医药洁净工程有利于提高资源利用效率和节约能源。医药生产过程中需要消耗大量的能源和资源。通过建立有效、节能的医药洁净工程，可以降低生产过程中的能源消耗和资源浪费，提高能源和资源的利用效率，同时还可以通过合理设计和管理，减少设备的运行能耗，进一步节约和利用能源。

最后，医药洁净工程与环境保护之间还存在一种相辅相成的关系。医药洁净工程的建设和运行需要依赖环境保护的政策支持和法规约束。同时，环境保护工作也需要医药洁净工程的支持和配合。只有在两者的相互促进下，才能实现医药产业的可持续发展和环境的可持续保护。

综上所述，医药洁净工程与环境保护之间存在着密切的关系。医药洁净工程通过降低对环境的污染、保障环境和生态系统的健康、提高资源利用效率和节约能源等方式，与环境保护形成互为补充和相辅相成的关系。只有在医药洁净工程和环境保护的共同努力下，才能实现医药产业的可持续发展和环境的可持续保护。